وظایف  و ماموریتها

  تشکیل کمیسیون  مشترک دفتر مقام معظم رهبری و دبیرخانه  از اغاز سال 1389  ، ناشی از سه ضرورت و کارکرد بوده است. ضرورت اول ارتباط بیشتر میان دبیرخانه مجمع با دفتر مقام معظم رهبری است. این نقش را ماده 32 آئین نامه داخلی مجمع تشخیص مصلحت نظام، مطرح می¬کند که در مواقع لازم، دبیر مجمع رابط این نهاد با مقام معظم رهبری می باشد. از طرف دیگر، مجمع تشخیص مصلحت نظام در حقیقت نهادی از مجموعه نهادهای رهبری قلمداد می شود. بنابراین با بازتعریف و بازنگری رابطه میان مجمع تشخیص مصلحت نظام و دبیرخانه با دفتر مقام معظم رهبری وبهره گیری بیشتر وبهتر از ظرفیت دفتر مقام معظم رهبری، تصمیم بر این شد که این کمیسیون عهده دار این ارتباط باشد.

ضرورت دوم ناشی ازضرورت هماهنگی محتوایی و پژوهشی مجمع تشخیص مصلحت نظام است که از گسترده بودن حوزه فعالیت های مجمع تشخیص مصلحت نظام و دبیرخانه این نهاد ناشی می شود. در واقع، این فعالیت های گسترده نیازمند به نوعی هماهنگی بویژه در امور محتوایی در امور تحقیقی و پژوهشی است تا این فعالیت ها که هر یک در کمیسیونی تخصصی انجام می گیرد از هماهنگی و انسجام بیشتری برخوردا شوند. 
ضرورت سوم این بود که در مجمع تشخیص مصلحت نظام، کمیسیونی با عنوان کمیسیون «خاص» شکل گرفته بود که برخی از وظایف خاصی را که به حوزه تخصصی سایر کمیسیون ها، مربوط نمی شد، به این کمیسیون ارجاع داده می شد و لذا لازم بود در دبیرخانه هم کمیسیونی ناظر بر این کمیسیون خاص وجود داشته باشد که هم اکنون «کمیسیون خاص و هماهنگی» این وظیفه را هم پیگیری می کند.

کمیته ها

 
کمیته ویژه «ماده 32»، که مسائل مربوط به دفتر مقام معظم رهبری و هماهنگی های لازم در این زمینه را پیگیری می کند.
کمیته «پژوهش و مستند سازی» وظیفه هماهنگی در امور محتوایی پژوهش های دبیرخانه مجمع و نیز مستندسازی سیاست های ابلاغی توسط مقام معظم رهبری را برعهده دارد 
 کمیته سوم کمیته «هماهنگی و ارزشیابی» مجموعه فعالیت هایی که در راه الزامات تحقق سیاست های کلی و موارد ابلاغی مقام معظم رهبری و نیز سایر هماهنگی های محتوایی امور دبیرخانه را رسیدگی می کند.